Mayotte, surnommée "l'île aux parfums", est un véritable sanctuaire de biodiversité, avec une faune riche et variée, à la fois terrestre et marine. Son isolement géographique a favorisé le développement d'espèces endémiques, c'est-à-dire qui ne se trouvent nulle part ailleurs.

La faune terrestre

Mammifères : Les plus emblématiques sont sans conteste les lémuriens, appelés localement "makis" (Eulemur fulvus mayottensis), une sous-espèce endémique. La roussette, ou grande chauve-souris frugivore (Pteropus seychellensis comorensis), est un autre mammifère natif de l'île. On y trouve également des espèces introduites, comme la civette, le rat ou le hérisson (tenrec).

Oiseaux : Mayotte est un paradis pour les ornithologues, avec plus de 130 espèces recensées. Parmi les espèces endémiques de l'île ou de l'archipel des Comores, on peut citer le Drongo de Mayotte, le Zostérops de Mayotte, le Souimanga de Mayotte et le Pigeon des Comores. Certaines espèces sont menacées, comme le Crabier blanc, classé "en danger critique d'extinction".

Reptiles et amphibiens : L'île abrite une variété de reptiles, dont des geckos diurnes colorés du genre Phelsuma(dont certaines espèces sont endémiques), ainsi que des caméléons et des couleuvres. On y trouve aussi deux espèces d'amphibiens : la grenouille et la rainette de Mayotte.

Insectes : C'est le groupe faunistique le plus riche de l'île. On y dénombre plus de 116 espèces de papillons, dont 12 sont endémiques, ainsi que de nombreuses espèces de libellules, de criquets et de coléoptères. L'araignée géante à toile dorée (Nephila comorana) est particulièrement impressionnante par la taille de sa toile et de la femelle.

La faune marine

Le lagon de Mayotte est l'un des plus grands au monde et un écosystème marin d'une richesse exceptionnelle.

Mammifères marins : C'est un site d'observation privilégié pour les cétacés. De juillet à octobre, les baleines à bosse viennent se reproduire et mettre bas dans les eaux chaudes. On peut également y observer de nombreuses espèces de dauphins, comme le Grand Dauphin et le dauphin à long bec. Une population très menacée de dugongs, surnommée "vache de mer", fréquente également les eaux de Mayotte.

Tortues marines : Les tortues vertes et les tortues imbriquées viennent pondre en masse sur les plages de l'île. Il est possible d'assister à la ponte nocturne ou à l'émergence des jeunes.

Poissons et autres animaux marins : Le lagon est peuplé d'une faune marine très diversifiée, avec des raies manta, des requins (majoritairement inoffensifs pour l'homme), des poulpes, des nudibranches et une multitude de poissons de récifs aux couleurs chatoyantes.